Quy định thu hồi và cấp lại giấy phép môi trường mới nhất

Quy định thu hồi và cấp lại giấy phép môi trường là nội dung doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý khi đã được cấp giấy phép môi trường nhưng phát sinh sai sót về thẩm quyền, nội dung cấp phép, thay đổi quy mô, công suất, công nghệ hoặc nguồn thải. Nếu xử lý không đúng, doanh nghiệp có thể bị gián đoạn vận hành, phải làm lại hồ sơ hoặc gặp rủi ro trong quá trình thanh tra môi trường. Trong bài viết này, Môi trường ETM sẽ phân tích dễ hiểu các trường hợp giấy phép môi trường bị thu hồi, trường hợp phải cấp lại, cách xử lý khi giấy phép cấp sai thẩm quyền hoặc có nội dung trái quy định, đồng thời gợi ý những việc doanh nghiệp nên chuẩn bị để tránh bị động.

Quy định thu hồi và cấp lại giấy phép môi trường là gì?

Thu hồi giấy phép môi trường là việc cơ quan có thẩm quyền hủy bỏ hiệu lực của giấy phép môi trường đã cấp trong các trường hợp pháp luật quy định. Việc thu hồi thường phát sinh khi giấy phép được cấp không đúng thẩm quyền hoặc có nội dung trái quy định pháp luật về bảo vệ môi trường.

Cấp lại giấy phép môi trường là thủ tục được thực hiện khi giấy phép hết hạn, khi dự án/cơ sở có thay đổi làm gia tăng tác động xấu đến môi trường, hoặc khi cần xử lý lại giấy phép đã cấp không phù hợp. Theo Nghị định 05/2025/NĐ-CP, Điều 30 của Nghị định 08/2022/NĐ-CP đã được sửa đổi, bổ sung theo hướng quy định cụ thể hơn về điều chỉnh, cấp lại và thu hồi giấy phép môi trường. Nghị định 05/2025/NĐ-CP được ban hành ngày 06/01/2025 và có hiệu lực cùng ngày.

Từ kinh nghiệm tư vấn hồ sơ môi trường và hệ thống xử lý nước thải cho doanh nghiệp, ETM nhận thấy nguyên nhân phổ biến nhất khiến hồ sơ giấy phép môi trường gặp rủi ro là: xác định sai nhóm dự án, kê khai chưa đúng lưu lượng nước thải/khí thải, thay đổi công nghệ nhưng không cập nhật giấy phép, hoặc hồ sơ pháp lý không khớp với hiện trạng vận hành.

Căn cứ pháp lý về thu hồi và cấp lại giấy phép môi trường

Doanh nghiệp nên đối chiếu các văn bản sau:

Nghị định 48/2026/NĐ-CP đã sửa tên Điều 30 thành “Điều chỉnh, cấp lại, thu hồi giấy phép môi trường” và bổ sung quy định về cách xử lý khi phát hiện giấy phép môi trường phải bị thu hồi nhưng không thuộc trường hợp xử lý vi phạm hành chính.

Khi nào giấy phép môi trường bị thu hồi?

Theo quy định tại Điều 44 Luật Bảo vệ môi trường 2020 và các văn bản hướng dẫn, giấy phép môi trường có thể bị thu hồi trong các trường hợp chính sau:

Giấy phép môi trường được cấp không đúng thẩm quyền

Đây là trường hợp giấy phép do cơ quan không có thẩm quyền cấp. Ví dụ, dự án thuộc thẩm quyền cấp của Bộ nhưng lại được cấp bởi địa phương, hoặc thuộc thẩm quyền cấp tỉnh nhưng hồ sơ lại được xử lý sai cấp.

Sai thẩm quyền thường xảy ra khi doanh nghiệp hoặc đơn vị tư vấn xác định chưa đúng:

• Nhóm dự án I, II, III;
• Quy mô, công suất sản xuất;
• Loại hình có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường;
• Lưu lượng nước thải, khí thải;
• Hoạt động nhập khẩu phế liệu;
• Hoạt động xử lý chất thải nguy hại;
• Vị trí dự án liên quan đến nhiều địa phương hoặc vùng biển.

Khi phát hiện giấy phép cấp không đúng thẩm quyền, cơ quan đã cấp giấy phép phải hướng dẫn chủ dự án, cơ sở lập hồ sơ gửi đúng cơ quan có thẩm quyền để được cấp giấy phép môi trường mới. Theo Nghị định 48/2026/NĐ-CP, giấy phép cũ được thu hồi sau khi dự án, cơ sở đã được cấp giấy phép mới đúng quy định.

Giấy phép môi trường có nội dung trái quy định pháp luật

Trường hợp này xảy ra khi giấy phép có nội dung không phù hợp với quy định pháp luật về bảo vệ môi trường. Ví dụ:

• Thông số xả thải không phù hợp quy chuẩn áp dụng;
• Lưu lượng xả thải không khớp với quy mô dự án;
• Vị trí xả thải không đúng nguồn tiếp nhận;
• Công trình xử lý chất thải trong giấy phép không phù hợp hiện trạng;
• Nội dung quản lý chất thải nguy hại chưa đúng;
• Yêu cầu quan trắc, vận hành thử nghiệm hoặc phòng ngừa sự cố chưa phù hợp.

Với trường hợp giấy phép có nội dung trái quy định, cơ quan đã cấp giấy phép thực hiện cấp mới giấy phép môi trường cho dự án, cơ sở để bảo đảm phù hợp pháp luật. Việc thu hồi giấy phép cũ được thực hiện đồng thời với thời điểm cấp giấy phép mới.

Phân biệt thu hồi giấy phép và tước quyền sử dụng giấy phép môi trường

Nhiều doanh nghiệp nhầm giữa thu hồi giấy phép môi trường và tước quyền sử dụng giấy phép môi trường. Đây là hai tình huống khác nhau.

Nói đơn giản, thu hồi thường liên quan đến tính hợp pháp của giấy phép đã cấp. Còn tước quyền sử dụng thường liên quan đến hành vi vi phạm của doanh nghiệp trong quá trình hoạt động.

Trường hợp nào phải cấp lại giấy phép môi trường?

Theo quy định cập nhật tại Nghị định 05/2025/NĐ-CP, các đối tượng được cấp lại giấy phép môi trường gồm giấy phép hết hạn, dự án/cơ sở có thay đổi làm gia tăng tác động xấu đến môi trường, khu sản xuất hoặc cụm công nghiệp bổ sung ngành nghề có nguy cơ gây ô nhiễm, cùng một số thay đổi khác theo quy định.

Giấy phép môi trường hết hạn

Khi giấy phép môi trường hết thời hạn, doanh nghiệp cần thực hiện thủ tục cấp lại để tiếp tục vận hành hợp pháp. Đây là tình huống đơn giản nhất nhưng thường bị bỏ sót nếu doanh nghiệp không theo dõi thời hạn giấy phép.

Doanh nghiệp nên lập lịch kiểm tra thời hạn giấy phép tối thiểu 6 - 12 tháng trước khi hết hạn để có đủ thời gian rà soát hồ sơ, quan trắc, bản vẽ và hiện trạng công trình xử lý chất thải.

Thay đổi quy mô, công suất hoặc công nghệ làm tăng tác động môi trường

Dự án đầu tư, cơ sở, khu sản xuất, kinh doanh, dịch vụ tập trung hoặc cụm công nghiệp có thay đổi tăng quy mô, tăng công suất sản xuất hoặc thay đổi công nghệ sản xuất dẫn đến gia tăng tác động xấu đến môi trường có thể phải thực hiện thủ tục cấp lại giấy phép môi trường.

Một số ví dụ thường gặp:

• Tăng công suất sản xuất;
• Bổ sung dây chuyền sản xuất mới;
• Tăng lưu lượng nước thải, khí thải;
• Thay đổi công nghệ xử lý nước thải;
• Bổ sung hệ thống xử lý khí thải;
• Thay đổi nguồn tiếp nhận nước thải;
• Bổ sung hoạt động tái chế, xử lý hoặc đồng xử lý chất thải.

Tăng từ 10% lưu lượng nước thải, bụi, khí thải

Một trường hợp đáng chú ý là thay đổi làm tăng từ 10% lưu lượng nước thải, bụi, khí thải và làm gia tăng thải lượng các thông số ô nhiễm ra môi trường. Trường hợp này thuộc nhóm thay đổi khác làm gia tăng tác động xấu đến môi trường và có thể phải cấp lại giấy phép môi trường.

Vì vậy, doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý khi mở rộng sản xuất. Chỉ cần tăng lưu lượng xả thải so với giấy phép cũ mà không cập nhật hồ sơ, doanh nghiệp có thể gặp rủi ro khi kiểm tra môi trường.

Bổ sung ngành nghề có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường

Khu sản xuất, kinh doanh, dịch vụ tập trung hoặc cụm công nghiệp đang hoạt động nếu bổ sung ngành, nghề thu hút đầu tư thuộc danh mục loại hình sản xuất, kinh doanh, dịch vụ có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường thì thuộc trường hợp cần xem xét cấp lại giấy phép môi trường.

Ví dụ: cụm công nghiệp trước đây chỉ tiếp nhận ngành ít phát sinh nước thải, sau đó bổ sung dệt nhuộm, xi mạ, hóa chất, tái chế hoặc ngành có nước thải/khí thải đặc thù.

Thay đổi vị trí xả thải hoặc nguồn tiếp nhận nghiêm ngặt hơn

Nếu doanh nghiệp thay đổi vị trí xả trực tiếp nước thải sau xử lý vào nguồn nước có yêu cầu cao hơn về quy chuẩn xả thải, hồ sơ giấy phép môi trường cần được rà soát lại.

Trường hợp này ảnh hưởng trực tiếp đến quy chuẩn áp dụng, thông số cần kiểm soát và yêu cầu kỹ thuật của hệ thống xử lý nước thải.

Thay đổi công trình, thiết bị xử lý chất thải

Doanh nghiệp có thể phải thực hiện cấp lại giấy phép môi trường khi thay thế hoặc bổ sung công trình, hệ thống, thiết bị tái chế, xử lý chất thải; bổ sung hoạt động tự tái chế, xử lý, đồng xử lý chất thải; hoặc thay đổi công nghệ hệ thống xử lý nước thải, bụi, khí thải.

Từ góc độ kỹ thuật, đây là nhóm thay đổi rất dễ phát sinh tại nhà máy. Ví dụ: thay bể sinh học truyền thống bằng MBR, bổ sung keo tụ hóa lý, thay hệ thống xử lý mùi, bổ sung thiết bị hấp phụ than hoạt tính hoặc thay đổi tuyến bùn thải.

Quy trình xử lý khi giấy phép môi trường bị thu hồi

Doanh nghiệp cần làm gì khi giấy phép môi trường bị thu hồi?

Trường hợp phát hiện trong quá trình xử lý vi phạm hành chính

Nếu giấy phép môi trường phải bị thu hồi trong quá trình xử lý vi phạm hành chính, việc thu hồi được thực hiện theo quy định của pháp luật về xử lý vi phạm hành chính. Đây là tình huống doanh nghiệp cần xử lý rất thận trọng vì có thể đi kèm biện pháp khắc phục hậu quả, đình chỉ hoạt động hoặc yêu cầu hoàn thiện hồ sơ.

Doanh nghiệp nên thực hiện ngay các việc sau:

• Đọc kỹ quyết định xử phạt hoặc văn bản yêu cầu khắc phục;
• Xác định lỗi nằm ở thẩm quyền cấp phép, nội dung giấy phép hay hành vi vận hành;
• Rà soát lại toàn bộ hồ sơ môi trường và hiện trạng công trình xử lý;
• Chuẩn bị hồ sơ đề nghị cấp mới/cấp lại theo hướng dẫn của cơ quan có thẩm quyền;
• Duy trì vận hành đúng phạm vi được phép, không tự ý xả thải vượt nội dung giấy phép.

Trường hợp cơ quan nhà nước tự phát hiện sai sót

Theo Nghị định 48/2026/NĐ-CP, nếu cơ quan nhà nước phát hiện giấy phép môi trường phải bị thu hồi nhưng không thuộc trường hợp xử lý vi phạm hành chính, cơ quan phát hiện phải gửi văn bản cho cơ quan đã cấp giấy phép để thông báo việc cấp phép không đúng thẩm quyền hoặc có nội dung trái quy định pháp luật. Sau đó, cơ quan đã cấp giấy phép phải rà soát trình tự, thủ tục và nội dung thẩm định.

Nếu sai thẩm quyền, cơ quan đã cấp giấy phép hướng dẫn chủ dự án, cơ sở lập hồ sơ gửi đúng cơ quan có thẩm quyền. Giấy phép cũ được thu hồi sau khi dự án, cơ sở được cấp giấy phép mới đúng quy định. Nếu nội dung giấy phép trái pháp luật, cơ quan đã cấp giấy phép thực hiện cấp mới giấy phép phù hợp và thu hồi giấy phép cũ đồng thời.

Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì khi cấp lại giấy phép môi trường?

Để quá trình cấp lại giấy phép môi trường thuận lợi, doanh nghiệp nên chuẩn bị đồng thời hồ sơ pháp lý, hồ sơ kỹ thuật và dữ liệu vận hành.

Điểm quan trọng là hồ sơ cấp lại không nên chỉ làm theo mẫu hành chính. Cần kiểm tra thực tế xem hệ thống xử lý nước thải, khí thải, tuyến thu gom, vị trí xả thải và thông số quan trắc có khớp với giấy phép dự kiến cấp lại hay không.

Lời kết

Quy định thu hồi và cấp lại giấy phép môi trường giúp doanh nghiệp hiểu rõ khi nào giấy phép bị thu hồi, khi nào phải cấp lại và cách xử lý khi giấy phép có sai sót về thẩm quyền hoặc nội dung. Điểm quan trọng nhất là doanh nghiệp cần theo dõi thời hạn giấy phép, kiểm soát mọi thay đổi về công suất, công nghệ, lưu lượng nước thải, khí thải và vị trí xả thải trước khi vận hành thực tế.